Fin du XIXème siècle imaginaire...
Au prix de bien des vies, des innocences et des compatibles ont été découverts pour rejoindre les rangs de la Congrégation de L'ombre. Mais, voilà, les difficultés rencontrées par l'Ordre et tout ces combats que les exorciste ont menés n'étaient que le prélude d'un véritable drame, un 'scénario' préparé par cet être étrange et mystérieux : le Comte Millénaire.
Le Prince se met enfin en marche, aidé par des êtres qui se font appeler les Descendants de Noé. Qui sont-ils, ces humains qui se prétendent être les véritables apôtres de Dieu ? Et surtout, pourquoi se sont-ils alliés au Comte ?
Les choses s'accélèrent. Plusieurs traqueurs ont perdu la vie en l'espace de quelques jours, ainsi que, plus inquiétant encore, un des Maréchaux. Kevin Yeegar est tombé, certainement torturé aux vues de son état lorsqu'il a été retrouvé, mourant et fou. Ses derniers mots furent une chanson macabre, un message terrible...
Après le retour du Maréchal Cross, Allen est déclaré par Central comme étant la réincarnation du Musicien. On lui interdit de parler à son Maître, le Maréchal Cross Marian et il est sans arrêt surveillé par Central...mais l'Ordre ne se serait-il pas trompé?
Alors que tous les autres accusent Allen et Cross de trahison, une Noé est née comme étant la réincarnation du 14°, possédant les mêmes pouvoirs qu'Allen Walker, mis à part son innoncence...on dit d'elle qu'elle serait la seule Noé qui porterait le bien et le mal, ainsi que la seule de ce clan à pouvoir porter une Innocence...quel sont ses liens avec le 14°? Bien des mystères s'enroulent autour des Noé...Central aurait-il fait une erreur ou un second musicien serait-il né?
Après la disparition soudaine du Maréchal Cross, le Comte Millénaire s'est mis à la recherche du Coeur Précieux, une Innocence qui serait le point vital de toutes les autres innocences et dont la destruction permettrait de détruire toutes les autres innocences d'un coup. Afin de trouver cette fameuse Innocence, le Comte n'hésite pas à envoyer Akuma et Noé à la fois pour éliminer tout Exorciste se trouvant sur son chemin, mais la Congrégation de l'Ombre ne compte pas le laisser faire pour autant.
Après une très longue absence le Maréchal Cross réapparait et reprend du service. Tous ignorent ce qui c'est réellement passé le jour où ce dernier à disparu, par un sombre soir d'orage, mais il est revenu avec des informations sur le clan Noé...
La bataille pour la survie du monde a commencée et nul ne sait qui sera le vainqueur...
